Los comienzos de este trío hardcore funky nos llevan a la década de 1990, la banda compuesta por Fernando Ruiz Díaz en voz y guitarra, Gabriel Ruiz Díaz en bajo y Abril Sosa en batería, graba un demo con el tema "Lavatuto", que se reparte gratis entre sus fans.
En 1997 sale a la venta "Dale!", su primer disco, producido por ellos mismos. Luego se publican los videos de "Dale!" y "La Polca".
Durante 1998 tocan por toda la Capital y el Gran Buenos Aires, y participan en el "Festival Buenos Aires No Duerme II", donde logran reunir a cinco mil personas.
Ese mismo año se publica "A Morir" , su segundo álbum. Este disco queda por semanas en el tope de los ranking’s con el video de "Calavera deforme".
En el 2000 publican un nuevo disco que se titula "Cuentos Decapitados", que contiene, entre otros, los temas "Eso espero", "Eso vive" y "Viñas del amor".En 2002 registran una nueva producción discográfica bajo el nombre de "Cuadros dentro de cuadros" ubicándolos en el tope de muchos ranking’s con el tema que le da nombre al disco y les permite el ingreso a Festivales como San Pedro Rock (CMTV) en el año 2003, donde presentan al nuevo baterista, Javier Herrlein, en reemplazo de Abril Sosa (cantante de Cuentos Borgeanos).
En el 2004 entran a estudios de grabación para registrar su quinto trabajo discográfico. Catupecu vuelve con un disco que es marca asegurada de originalidad y cien por ciento rock, bajo el nombre de “El número imperfecto”. El nuevo material cuenta con diez temas inéditos compuestos por los mismos Catupecu y un cover de Massacre (Plan B: Anhelo de satisfacción). El corte de difusión es "Magia veneno" (música y letra de Fernando Ruiz Diaz). "El número imperfecto" fue producido por Gabriel Ruiz Diaz; grabado en los Estudios Panda, Espacio Estudio, Estudio Labardén y Club Audio; y fue masterizado en Precisión Mastering por Tom Baker (en los Estados Unidos).
El 30 de marzo de 2006 Gabriel Ruiz Diaz sufre un accidente automovilístico junto a Cesar Andino, el cantante de Cabezones, y lo deja hospitalizado un largo tiempo, en estado de coma e intentando seguir adelante. La banda continúa sus giras con músicos invitados para reemplazar el trabajo de Gabriel, como Zeta Bossio (Soda Stereo), entre otros. Un año después del accidente Gabriel muestra signos de recuperación. Mientras tanto, la banda planea lanzar un CD con nuevas versiones que Gaby ya había dejado grabadas.
En 2007, lanzan un disco doble, titulado "Laberintos entre artistas y dialectos", en vivo y en versión estudio.
En 2009 editan "Simetría de Moebius".
A fines de Marzo de 2011, Javier Herrlein se aparta de Catupecu Machu y en su lugar se suma el ex baterista de Cuentos Borgeanos, Agustín Rocino. A fines de Julio, la banda presenta "Metrópolis nueva", el primer single de su nuevo disco.El 27 de setiembre, Catupecu Machu lanza "El mezcal y la Cobra", su séptimo álbum de estudio.
En 2014 Catupecu Machu cumple 20 años de trayectoria y lo festeja editando un BoxSet que incluye: 2 CDs con grandes éxitos, covers, remixes y rarezas, titulados "Código genético" y "Brevario de anomalías"; dos DVDs, uno con un documental de la historia del grupo llamado "El Grito Después" y otro titulado "Escenarios", con un popurrí de shows en tres formatos diferentes; y un libro con más de 200 páginas de fotos. Al mismo tiempo estrenan el video de "Magia Veneno", una versión en vivo grabada junto a Las Pelotas en el show Madera Microchip que el grupo dio el 29 de agosto de 2013 en el Teatro Gran Rex.
El 2 de julio de 2015 presentaron oficialmente el video de "Para vestirte hoy", un tema de Lisandro Aristimuño incluido en "Brevario de Anomalías".
En 2016 Fernando Ruiz Díaz en voz y guitarra, Agustín Rocino en batería, Martín "Macabre" González en teclado, bajo y coros y Sebastián Cáceres en bajo y guitarra, presentan el sencillo "La Piel del Camino", primer adelanto de un nuevo álbum de estudio.
En 2017, la banda se toma un descanso y Fernando Ruiz Díaz forma Vanthra.
El 23 de enero de 2021 fallece Gabriel Ruiz Díaz a la edad de 45 años.
En 2022 Catupecu Machu anuncia su regreso en el Festival Quilmes Rock donde el power trío se re-inventa y cambia la piel, esta vez con un poderoso combo de dos baterías al mando de Abril Sosa y Juli Gondell, junto al multi instrumentista Charles Noguera y Fernando Ruíz Díaz, voz y guitarrista de la banda.
Catupecu Machu vuelve a presentarse en Uruguay tras su reencuentro, esta vez en Festival Medio y Medio. Esta noche a las 22:30 horas. Interpretarán distintas canciones de su extenso repertorio creado a lo largo de sus 28 años de carrera. Entradas por Red Tickets.
